起動時にウインドウが２つ表示ってどういう状況よというとこんな状況です。ウインドウは勿論のことタスクバーのインジケータにアイコンが２つも表示されています。つまりこういう状況です。

起動する度にウインドウが複数表示されるので結構面倒かつ、決してアプリケーションが複数動いているわけではないので１つを閉じるともう一方も閉じられてしまいます。

実をいうとThunderbirdにはウインドウを複数表示する設定があって、例えば複数のメール受信欄を表示してみたりなどで活用が出来るわけですが、それを大抵の場合知らず知らずに設定しちゃっている場合が多くなんで２つもぉぉとなる事が多いです。

ちなみに複数ウインドウで表示するにはフォルダ右クリックで「新しいウインドウで開く」でOK。

１つにする方法はいたって簡単。ウインドウを表示して上部のメニューの「ファイル」から「閉じる」を選択。これでウインドウは閉じられ、次回起動時もシングルウィンドウで表示されます。